Különböző foltok vannak, amelyekkel az anyagot gélelektroforézissel elkülöníthetjük. A számos választás közül az öt törzs a leggyakoribb kezdődik az Etidium-bromiddal, amely a legelterjedtebb. Amikor ezt a folyamatot dolgozom, fontos, hogy ne csak a törzsek közötti különbségeket ismerjék meg, hanem a benne rejlő egészségügyi kockázatokat.
01 Etidium-bromid
Az etidium-bromid valószínűleg a legismertebb színezék, amelyet a DNS megjelenítésére használnak. Ez a festék használható a gél-keverékben, az elektroforézis pufferben vagy a gél foltolását követően. A festék molekulái ragaszkodnak a DNS-szálakhoz, UV-fényben fluoreszkálva, és pontosan megmutatják, hogy a szalagok hol vannak a gélen. Előnye ellenére a hátránya az, hogy az etidium-bromid potenciális rákkeltő, ezért nagy gonddal kell kezelni. A gélzel való munka során felmerülő lehetséges egészségügyi kockázatok miatt alternatívákat találtak. 02 SYBR Gold
A SYBR Arany festék használható kettős vagy egyszálú DNS festésére vagy RNS festésére. A SYBR Gold az etidium-bromid egyik első alternatívája volt, hogy elérje a piacot, és sokkal érzékenyebbnek tekinthető, mint az etidium-bromid. A festék 1000-szer nagyobb UV fluoreszcenciát mutat, ha nukleinsavakhoz kötődik. Ezután behatol a vastag és nagy százalékos agarózgélekbe, és formaldehid géleken alkalmazható. Mivel a nem kötődő molekula fluoreszcenciája annyira alacsony, a destaining nem szükséges. A licenctulajdonos Molecular Probes (SYBR Gold bevezetése óta) kifejlesztette és forgalmazta a SYBR Safe-ot és a SYBR Green-et, amelyek biztonságosabb alternatívái az etidium-bromidnak.
03 SYBR Green
A SYBR Green I és II foltok (ismét a Molecular Probes által forgalmazott) különböző célokra vannak optimalizálva. Mivel a DNS-hez kötődnek, még mindig potenciális mutagéneknek minősülnek, és ezért óvatosan kell kezelni őket. A SYBR Green I sokkal érzékenyebb a kettős szálú DNS-kkel való használatra, míg a SYBR Green II viszont a legegyszerűbb egyszálú DNS vagy RNS alkalmazáshoz. A népszerű Ethidium Bromide folthoz hasonlóan ezek a rendkívül érzékeny foltok UV fényben fluoreszkálnak. 04 SYBR Safe
A SYBR Safe-ot úgy tervezték, hogy biztonságosabb alternatíva legyen az Ethidium Bromide és más SYBR foltok számára. Nem minősül veszélyes hulladéknak, és általában a rendszeres szennyvízcsatorna-rendszereken (pl. A leeresztés alatt) eldobható, mivel a toxicitási vizsgálatok azt jelzik, hogy nincs akut toxicitás. A teszt azt is jelzi, hogy a szíriai hörcsög embrió (SHE) sejtek, az emberi limfociták, az egér lymphoma sejtek és az AMES teszt kevés vagy semmilyen genotoxicitást nem mutat. A foltot kék fényű transzilluminátorral lehet használni, ami kisebb kárt okoz a látható DNS-ben, és jobb hatékonyságot nyújt a későbbi klónozáshoz. 05 Eva Green
Az Eva Green egy zöld fluoreszkáló festék, amelyről úgy találták, hogy kisebb mértékben gátolja a PCR-t , mint a többi színezék. Ez nagyon hasznos lehet olyan alkalmazásokhoz, mint a mennyiségi valós idejű PCR. Az is jó választás, ha alacsony olvadáspontú géleket használ a DNS kinyerésére. Nagyon stabil a magas hőmérsékleten és nagyon alacsony a fluoreszcencia önmagában, de erősen fluoreszkáló, amikor DNS-hez kötődik. Az Eva Green kimutatták, hogy nagyon alacsony vagy semmilyen citotoxicitás vagy mutagenitás nincs.